Вернувш воссозданым из Евы-01, Синдзи оказался в весьма неожиданной ситуации. Находясь в теле, не являющимся больше человеческим, и у него в подсознании обосновался не вольный сожитель, парню приходится иметь дело с новыми обстоятельствами и способностями. И он думал, что сражаться с Ангелами было тяжело...